El argumento desarrolla el caso de un hombre que vive un amor dramático, relacionado con episodios de la guerra civil. Se ha dicho que esta obra contiene muchos trozos enteramente autobiográficos, y que Altamirano pasó por algún trance íntimo semejante al que describe en el protagonista de Clemencia.

La historia comienza presentándonos a dos mujeres, Clemencia (morena) e Isabel (rubia), opuestas las dos en carácter como lo son físicamente. Ellas son cortejadas por dos varones, también de muy distinta condición moral: Enrique Fiórez, un "arrivista", hipócrita y sin escrúpulos, que corteja a Isabel, y Fernando del Valle, un idealista, sincero y apasionado, que hace el amor a Clemencia. La una y la otra prefieren a Enrique. Clemencia, por su parte, siempre se muestra fría hasta el grado de menospreciar a Fernando.

Nada falta, sin embargo, los sentimientos de este hacia la esquiva Clemencia, se hacen más fuertes. Pero, por otra parte, la atracción que experimentan entre sí Clemencia y Enrique termina en matrimonio, hecho que colma de tristeza y amargura el corazón de Fernando quien al igual que Enrique, pertenece al partido liberal, en donde toman parte en las luchas políticas, pero Fiórez, como es su costumbre, traiciona a sus correligionarios, manteniendo secretos contactos con el enemigo.

Las cosas se desvirtúan de modo que, al descubrirse la traición al partido, las sospechas recaen sobre el pobre Fernando.

Al final se descubre la verdad y Enrique es condenado a muerte. Con el restablecimiento de la verdad, lejos de calmarse el espíritu de Fernando, se ensombrece más, pues advierte que Clemencia le culpa de haber acusado a su marido por celos. Fernando, para quedar puro y sin mancha a los ojos de su amada, sustituye heroicamente al reo, y al darse cuenta exacta de lo ocurrido, Clemencia comprende la grandeza del alma de Fernando, y enloquece de desesperación, aunque ya nada se puede hacer.